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晶體日記(十八)- 尋找反常和有趣- X射線衍射XRD

更新時間:2024-08-28點擊次數:809

突然看到飛機上的某位同學在那麽(me) 努力的看文獻。敬業(ye) 的精神著實很難得..幾日前講課,突然想到自己的學生和工作過往,發出也許是故作深沉的感慨:Boring again。從(cong) 學校到公司,從(cong) 一份工作到另一份工作,在某個(ge) 時間點突然開始Boring起來。也許工作本就如此,大多數時間被無聊的事情的占據著,我們(men) 能做的無外乎自己努力地保持著Active的心態罷了。

出現反常

不過聽課的老師,倒是覺得20多年來,總是遇到不同的東(dong) 西,不會(hui) 覺得Boring。是呀,遇到新的問題,解決(jue) 了,才會(hui) 有成就感。但之後的體(ti) 力勞動著實更加費時間。可能有同學會(hui) 問我,我說的是做什麽(me) ?晶體(ti) 學嗎?對,我說的是結構精修… 所以,我經常跟很多同學說,尊重下科學,尊重下幫你解決(jue) 問題的老師們(men) 。可能因為(wei) 你隻追求好看而去挑刺的結果,給幫助你的人帶來了很多負麵的情緒。其中的過程,你可能無法知道死了多少腦細胞。

在Routine的工作裏,尋找反常,也許是消除這些Boring的好方式。然而大多數結果是,你在跟同學們(men) 討論這是很有趣的結果是,他的答案會(hui) 是:“我不要反常,這和我的預期結果不一致,能改一改嗎?能消除嗎?"… 好吧,我又忍不住開始吐槽了…

“反常"晶體(ti) 分析

近期的半年裏發現的“反常"晶體(ti) ,依舊遵循著有意思的紮堆定律。我開始想這樣的晶體(ti) 是如何生長出的,自然界裏是不是有相同的共生?確實近期發生的概率有點大。

也許是固定習(xi) 慣思維的影響,看到這些晶體(ti) ,可能一個(ge) 反應是,這不就是自己PPT裏的孿晶嗎?然後在繼續做的時候,就充滿了困惑了。亦或是自己仔細一點就會(hui) 發現,這隻是看起來很像罷了。

因為(wei) 現在APEX5 Determine Unit Cell的Domain功能很方便,也許在拆完一個(ge) domain之後,也就自動的讓它找第二個(ge) Domain了。然而結果會(hui) 讓你大失所望,怎麽(me) 不按套路來了呢?第二個(ge) Domain並沒有覆蓋到多少剩餘(yu) 的衍射點,而且和預想的並不符合。

難道做錯了,然而不管從(cong) 哪個(ge) 角度去分離衍射點,得到的結果都是這樣。

既然Domain功能並沒有達到預期,肯定是有原因的。回到起初學習(xi) 的方式,按部就班的手動分離衍射點下來,並且把共有的衍射點都分配到兩(liang) 組衍射點裏。自然發現了其中的問題所在。

第二個(ge) domain 獨自定出的晶胞,與(yu) 一個(ge) 晶胞有相同的體(ti) 積,然而β角卻幾乎是90°,接近於(yu) 正交的晶胞。所以這並不是一個(ge) 剛看到時以為(wei) 的Twinning。自然Cell_now, Domain也都不會(hui) 找到正確的結果。有意思的是,用兩(liang) 個(ge) 不同的晶胞都可以分別解出相應的結構,隻是無法精修的更好。因為(wei) 畢竟有50%的overlap。此時APEX5的Ignore功能可能會(hui) 有些作用,但是完整度會(hui) 缺失很多,所以並沒有解決(jue) 問題。結構沒有發表,就不展示了。
接受反常,變有趣(X射線衍射XRD)

那麽(me) 這個(ge) 晶體(ti) 是怎麽(me) 回事呢?猜測下來,這可能是一個(ge) inter-grow的共生晶體(ti) ,從(cong) 一個(ge) 共同的麵上長出了兩(liang) 種不同的晶型。當然也無法從(cong) 晶體(ti) 中剝離其中的一個(ge) 。具體(ti) 怎麽(me) 解決(jue) 這樣的問題,還在嚐試之中。如果有誰曾經有過處理的經驗,可以教教我。突然想起,其實5年前就遇到過了,當時隻是認為(wei) 學生挑錯了晶體(ti) … 好吧,看來並不是。

反常的東(dong) 西,反而會(hui) 變的更有趣一點。接受反常,給出合理的解釋,也許才能在Boring中找到新的感興(xing) 趣的點。

-轉載於(yu) 《布魯克X射線部門》公眾(zhong) 號

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